เมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน 2562 รัฐบาลไทยจัดกองทหารเกียรติยศในพิธีอำลาส่งเสด็จ สมเด็จพระสันตะปาปา ฟรังซิส ประมุขแห่งศาสนจักรโรมันคาทอลิก ในโอกาสเยือนไทยอย่างเป็นทางการ 20-23 พฤศจิกายน 2562 ที่ท่าอากาศยานทหาร 2 กองบิน 6 ดอนเมือง โดยมีนายสมคิด นาย สมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี เป็นผู้แทนรัฐบาลไทย , พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ รักษาการประธานองคมนตรี  , นาย ดอน ปรมัตวินัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างประเทศ , นาย อิทธิพล คุณปลื้ม รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรม ,เอกอัครราชทูตประจำนครรัฐวาติกัน,เอกอัครสมณทูตนครรัฐวาติกัน ประจำประเทศไทย,ผู้แทนสังฆมณฑล 11 เขตในประเทศไทย ,ผู้แทนเยาวชนจากสังฆมณฑล11เขตในประเทศไทย ร่วมส่งเสด็จ

สมเด็จพระสันตะปาปาทรงอำลาผู้คณะฝ่ายไทยและฝ่ายวาติกัน พร้อมโบกพระหัตถ์อำลาตัวแทนคริสตชน จาก11 สังฆมณฑล กว่า100 คน และทรงโอบกอดตัวแทนเด็กที่รอส่งเสด็จอย่างอบอุ่น  จากนั้นสมเด็จพระสันตะปาปา เสด็จจากท่าอากาศยานทหาร2กองบิน 6 ดอนเมือง ไปยังกรุงโตเกียว ในโอกาสเสด็จเยือนประเทศญี่ปุ่น เป็นเวลา 4 วัน ระหว่างวันที่ 23-26 พ.ย.62 โดยเที่ยวบินพิเศษของสายการบินไทย ในเวลา09.47 น.

ซิสเตอร์ อานา โรซา ซิโวรี รองอธิการิณี โรงเรียนคาทอลิก หญิงล้วนเซนต์แมรี จังหวัดอุดรธานี พระญาติที่อยู่ในประเทศไทย ผู้มีทวดคนเดียวกันกับสมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส  กล่าวว่า ตลอดระยะเวลาที่สมเด็จพระสันตะปาปา เดินทางเยือนประเทศไทย พระองค์ทรงตรัสว่าชอบประเทศไทยมาก และประทับใจที่ได้เข้าเฝ้าพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินี และเข้าเฝ้าสมเด็จพระสังฆราช รวมถึงพบกับนายกรัฐมนตรี

ซิสเตอร์ อานา  กล่าวด้วยว่า เป็นครั้งแรกที่มาพระองค์มาประเทศไทย ดีใจที่มีโอกาสที่ได้คุยและระลึกถึงสิ่งที่เกิดขึ้นในอดีต และได้คุยกันแบบพี่น้องคุยกัน ปกติจะเจอกันที่โรม ประเทศอิตาลี ดีใจสำหรับคนไทยทั้งหลายที่มีโอกาสครั้งหนึ่งในชีวิต ถือว่าเป็นบุญและได้รับพรจากพระเจ้าครั้งยิ่งใหญ่ ซึ่งจะอยู่ในความทรงจำ ทำให้รู้จักพระองค์ รู้จักพระศาสนจักร มากขึ้น

ด้านบาทหลวงยอแซฟ อนุชา ไชยเดช ผู้อำนการสื่อมวลชนคาทอลิกประเทศไทย กล่าวว่า  มีความเชื่อว่าตลอดระยะเวลา4 วันที่เสด็จมาประเทศไทย นอกจากคริตชนแล้วประชาชนคนไทยก็ได้เห็นภาพที่น่าประทับใจตลอดเวลา ซึ่งภาพเหล่านั้นจะปรากฏออกไปทั่วโลก สื่อต่างชาติที่เดินทางมาร่วมทำข่าว ชื่นชมการจัดการของคนไทย ถือ เป็นกิจกรรมที่มีความสุข ชื่นชมยินดี เชื่อว่าเกิน95% ของหลายคนที่มีโอกาสพบพระองค์เป็นครั้งแรก และจะประทับใจไปอีกนาน

ขณะที่สำนักข่าวต่างประเทศรายงานว่า สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส เสด็จขึ้นครื่องบิน ออกจากประเทศไทยแล้วเพื่อเสด็จเยือนญี่ปุ่นต่อ หลังเยือนไทยมาเป็นเวลา 3 วัน โดยมีซิสเตอร์อานา โรซา ซิโวรี ลูกพี่ลูกน้องที่ประจำอยู่ในจังหวัดอุดรธานีของไทยมานานร่วมส่งเสด็จ โดยได้ทำหน้าที่ล่ามให้พระองค์ตลอดการเสด็จเยือนไทย

คาดว่าระหว่างการเสด็จเยือนญี่ปุ่นพระองค์จะทรงย้ำเรื่องการต่อต้านอาวุธนิวเคลียร์ โดยเฉพาะเมื่อเสด็จเยือนฮิโรชิมาและนางาซากิในวันอาทิตย์ สองเมืองของญี่ปุ่นที่ถูกสหรัฐทิ้งระเบิดนิวเคลียร์ช่วงสงครามโลกครั้งที่สองเมื่อวันที่ 6 และ 9 สิงหาคม 2488 มีคนเสียชีวิตทันทีและหลังจากนั้นรวมกันมากถึง 400,000 คน พระองค์จะทรงพบปะกับผู้รอดชีวิต อ่านสารเรื่องอาวุธนิวเคลียร์ที่เมืองนางาซากิ   และเสด็จเยือนสวนอนุสาวรีย์สันติภาพที่เมืองฮิโรชิมา

ส่วนในวันจันทร์จะทรงพบกับผู้รอดชีวิตจากอุบัติเหตุโรงไฟฟ้านิวเคลียร์ฟูกุชิมะปี 2554 ที่กรุงโตเกียว พระองค์เคยตรัสในปี 2560 ว่า ประเทศต่าง ๆ ไม่ควรมีอาวุธนิวเคลียร์ แม้แต่เป็นการมีเพื่อป้องกันก็ตาม และเคยมีความปรารถนาในวัยเยาว์ที่จะมาเผยแผ่ศาสนาคริสต์ในญี่ปุ่น